La complexité des liens entre les « 3 E », à laquelle s’ajoute la nature du mandat des bureaux d’audit, soulève une autre question essentielle : devrait-on auditer l’efficience indépendamment de l’économie et de l’efficacité?
En théorie, il est possible d’auditer l’efficience indépendamment de l’efficacité. Toutefois, un audit « autonome » de l’efficience (audit portant uniquement sur l’efficience) ne répondrait pas aux questions sur la capacité d’un programme à atteindre les résultats recherchés. Inversement, un audit de l’efficacité ne répondrait pas aux questions sur l’efficience d’un programme.
De plus, même s’il est possible de réaliser un audit autonome de l’efficience, cela n’est peut-être pas chose souhaitable si l’audit ne permet pas, en bout de ligne, de répondre aux principales questions du public visé. Par exemple, les parlementaires et les décideurs peuvent tout autant s’intéresser à l’efficience d’une entité qu’à l’efficacité avec laquelle celle-ci s’acquitte de son mandat.
Certains praticiens considèrent que l’efficacité prime sur l’économie et l’efficience, car « il n’y a pas de valeur à atteindre des résultats qui ne sont pas ceux désirés, même si on le fait bien ». De même, d’autres praticiens pensent qu’il faut auditer l’efficacité avant de se pencher sur l’efficience, car il est inutile d’auditer l’efficience si les résultats recherchés ne sont pas atteints.
Au final, il n’existe pas de réponse simple quand on se demande s’il est possible ou nécessaire d’auditer l’efficience indépendamment de l’économie ou de l’efficacité. La réponse à cette question dépend du jugement professionnel des auditeurs, des circonstances propres au programme audité (à savoir : quels sont les risques et où sont-ils situés?), du mandat du bureau d’audit, ainsi que des besoins des parlementaires, des décideurs du secteur public et des comités d’audit.